В годы Великой Отечественной войны памятнику был нанесен огромный ущерб. С началом боевых действий под Новгородом вокруг монумента были сооружены деревянные строительные леса, после чего гранитный пьедестал был засыпан песком во избежание его повреждения осколками авиационных и артиллерийских снарядов. Благодаря этим действиям памятник не получил существенных повреждений в ходе боев за город в августе 1941 года и в период фашисткой оккупации Новгорода стал у солдат вермахта излюбленным местом для фотографирования. В январе 1944 года накануне освобождения Новгорода советскими войсками памятник Тысячелетию России был полностью демонтирован и подготовлен для отправки в Германию в качестве военного трофея. Оккупанты успели вывезти из города окружавшие монумент фонари и бронзовую решетку, но осуществлению дальнейших планов по его транспортировке помешало наступление советских войск. После освобождения Новгорода советскими войсками 20 января 1944 года Комитет по делам архитектуры при СНК СССР и исполком Ленинградского областного Совета депутатов трудящихся принял решение восстановить памятник в прежнем виде в числе первых объектов разрушенного Новгорода. Проведением реставрационных работ занимались сотрудники Ленинградского областного отдела архитектуры. Памятник был восстановлен в кратчайшие сроки, и уже 2 ноября 1944 года состоялось его торжественное открытие, которое стало значимым событием в жизни Новгорода того времени.