Многие предметы выставки сохранили следы драматических событий тех дней – маркировки, нанесенные оккупантами при подготовке вывоза предметов из Новгорода. Символом трагической судьбы культурных ценностей в годы войны является испещренный следами от пуль бронзовый бюст Л.Н. Толстого, превращенный оккупантами в мишень для стрельбы. Разрушение Новгорода в годы войны и гибель значительной части его художественного наследия можно отнести к крупнейшим катастрофам XX столетия. В течение 29 месяцев оккупации храмы, составлявшие всемирную славу Древнего Новгорода, были превращены в руины. Не менее трагичной оказалась и судьба музейных коллекций. Удалось эвакуировать «предметы из золота с драгоценными камнями», экспозиции древнерусского искусства, картинной галереи. Памятники вывозили в последнем отбывавшем из города железнодорожном составе, в котором музею выделили лишь два вагона. В оккупированном Новгороде остались уникальные собрания книг и иконописи. Эти музейные ценности были подготовлены оккупантами к вывозу в Германию, который с лета 1942 г. приобрел массовый характер. На многие годы растянулось и возвращение коллекций Новгородского музея. В 1945 г. из г. Советска Кировской области было реэвакуировано 2 287 памятников. Большая часть похищенных оккупантами музейных ценностей возвратилась в Новгород из Германии в порядке реституции в течение 1948 г. Последние десятилетия ознаменовались неожиданными обретениями считавшихся утраченными исторических раритетов Новгорода. В 2002 г. коллекцию музея пополнила Скрижаль 1656 гг. из Хутынского монастыря, специально приобретенная Государственным Эрмитажем. Отдельные музейные памятники были возвращены благодаря германо-российскому сотрудничеству в области исследования утраченных в годы войны культурных ценностей. Так, в 2015 г. в музей передали Служебник 1651 г. из Антониева монастыря, обнаруженный в Государственной Берлинской Библиотеке, а в 2018 г. - еще семь книг XVIII столетия.