Во время проведения капитальных работ на церкви (1826 – 1830 гг.) был добавлен верхний пророческий ярус, и иконостас полностью закрыл восточную стену церкви. В 1907 г. при выполнении ремонтных работ в храме иконостас был поновлен. После закрытия церквей Рагушенского погоста некоторые иконы из Троицкой церкви были перенесены в действующую тогда Успенскую церковь. В 1960 г. экспедицией Государственного Эрмитажа иконы деисусного чина, которые находились в аварийном состоянии, были вывезены в мастерские Эрмитажа для реставрации. Их место в иконостасе заняли иконы, пожертвованные в церковь местным населением. В 1975 г. разобранная церковь, иконостас и предметы культа Никулинской церкви были вывезены в Новгород. Для воссоздания иконостаса в интерьере церкви была проведена реставрация икон и выполнены копии в АО «Софийская набережная». Рамная конструкция иконостаса XVIII-XIX вв. является неотъемлемой частью памятника. В пророческий чин установлен крест Распятие. Элементом внутреннего убранства является подлинный клирос.