Книжное собрание (в том числе и издания периодической печати) библиотеки Новгородской духовной семинарии поступило в музей в 1919 году в соответствии с решением исполкома Новгородского губернского совета рабочих и крестьянских депутатов от 17 марта 1919 года. Библиотека Новгородской духовной семинарии сильно пострадала в годы Великой Отечественной войны: большая часть изданий была вывезена фашистами.