Завод был основан 26 (13) мая 1856 года как частное предприятие петербургского купца 1-й гильдии Матвея Егоровича Карра и инженера-судостроителя Марка Львовича Макферсона, в качестве совместного корабельного, литейного, механического и судостроительного завода на юго-западном побережье Васильевского острова. В марте 1874 года завод перешёл во владение английского акционерного общества «The Baltic iron ship building and engineering company limited», которое в 1877 году было преобразовано в «Русское акционерное Балтийское железоделательное судостроительное и механическое общество». После революции отечественное судостроение испытывало серьёзный кризис. Ситуация достигла своего предела в начале 1920-х, когда под юрисдикцию Балтийского завода были переданы Адмиралтейские верфи. С 1921 и до конца 1925 года это отделение стало отдельным предприятием под названием «Судостроительный завод имени Андре Марти». В 1934 году Балтийскому заводу было присвоено имя Серго Орджоникидзе, а с декабря 1936 года переименован в завод № 189 им. Орджоникидзе Наркомата судостроительной промышленности СССР. В годы Великой Отечественной войны в условиях блокады Ленинграда завод превратился в главную ремонтную базу Балтийского флота. В послевоенные годы завод начинает осваивать гражданское судостроение, со стапелей сходят танкеры, сухогрузы, рефрижераторы, научно-исследовательские суда и ледоколы. В 1992 году завод реорганизован в акционерное общество «Балтийский судостроительный завод».