Родился 24 июля (4 августа по новому стилю) 1757 года в Миргороде в семье казака Луки Ивановича Боровиковского (1720—1775). Отец, дядя и братья будущего художника были иконописцами. В молодости В. Л. Боровиковский учился иконописи под руководством отца.
С 1774 года служил в Миргородском казачьем полку, одновременно занимаясь живописью. В первой половине 1780-х годов Боровиковский в чине поручика выходит в отставку и посвящает себя занятиям живописью. Пишет образа для местных храмов.
В 1770-х годах Боровиковский близко познакомился с В. В. Капнистом и выполнял его поручения по росписи интерьера дома в Кременчуге, предназначавшегося для приёма императрицы. Екатерина II отметила работу художника и повелела ему переехать в Петербург.
В 1788 году Боровиковский поселяется в Петербурге. В столице первое время жил в доме Н. А. Львова и познакомился с его друзьями — Г. Р. Державиным, И. И. Хемницером, Е. И. Фоминым, а также Д. Г. Левицким, который стал его учителем. Несколько лет занимался живописью у И. Б. Лампи.
В 1795 году В. Л. Боровиковский за портрет великого князя Константина Павловича удостоен звания академика живописи. В 1803 году стал советником Академии художеств. С 1798 по 1820 гг. жил в доходном доме на Миллионной улице, 12.
Масон. Посвящён в масонство в петербургской ложе Умирающего сфинкса, которой руководил А. Ф. Лабзин и членом которой был Д. Г. Левицкий, 25 января 1802 года. Впоследствии вышел из ложи и с 26 мая 1819 года состоял в мистическом кружке Е. Ф. Татариновой «Союз братства».
Женат не был; детей не имел.
Боровиковский умер 6 (18) апреля 1825 года в Петербурге, и был погребён на Петербургском Смоленском православном кладбище. В 1931 году прах был перезахоронен в Александро-Невской лавре.