Родился в с. Самарове Тобольской губернии (ныне г. Ханты-Мансийск) в бедной крестьянской семье, где был двенадцатым ребенком.
В 1874 г. закончил в Тобольске народное училище, затем гимназию с серебряной медалью и получил право поступать в университет без экзаменов. В его аттестате зрелости отмечен «особый интерес к древним и новым языкам». От Тобольского общества вспомоществования Лопарев получил стипендию в 20 руб. в месяц для дальнейшего образования в Санкт-Петербургском университете на историко-филологическом факультете, куда он был зачислен в 1882 г.
Студенческие годы (1882 – 1886 гг.) Лопарева протекали в крайней нужде, так как стипендия была ничтожной для жизни в столичном городе. Лопарев подрабатывал перепиской ученых трудов. Уже на первом курсе молодой человек определил основное направление своих научных исследований – его заинтересовала история отношений Византии и Руси.
После окончания университета научная деятельность Лопарева определялись тремя направлениями: история византийско-русских отношений, древнерусская литература и краеведение, «сибирские изыскания».
В 1883 г. за работу «Хронографическое обозрение царствования Василия I Македонянина по источникам» Лопарев был удостоен серебряной медали.
При посредничестве Васильевского Лопареву была присвоена стипендия Императорского Православного Палестинского общества для работы в библиотеках и архивах Москвы, Казани и Ростова с целью подготовить к изданию древнерусскую паломническую литературу.
С 1887 г. Лопарев сотрудничал с Обществом любителей древней письменности, занимался описанием рукописей музея и личной коллекции рукописей председателя общества графа С. Д. Шереметева.
Служба Х.М. Лопарева началась в 1889 году в Министерстве народного просвещения, где он проработал до 1891 г. С 1891-го по 1894 г. он трудился на должности секретаря в Странноприимном доме графа Шереметева, председателя Археографической комиссии и Общества любителей древней письменности. С 1894-го по 1896 г. работал чиновником по особым поручениям в Госконтроле. Затем Хрисанф Мефодиевич перешёл на работу в Императорскую Публичную библиотеку Санкт-Петербурга, в которой он трудился 20 лет. До 1909 г. он был младшим помощником библиотекаря в отделе полиграфии, затем в отделе богословия, с 1904 г. – в отделе рукописей. С 1909 по 1912 г. он работал там же старшим помощником библиотекаря, в 1912 г. был назначен библиотекарем в отделе рукописей, а также в отделе инкунабул, альдов и эльзевиров.
С 29 декабря 1907 г. Лопарев являлся членом-сотрудником Русского географического общества. Являлся членом общества изучения Сибири и улучшения ее быта при музее этнографии и антропологии Академии наук.
В 1910-е гг. на сбереженные им семь тысяч рублей учредил в Тобольской гимназии стипендию своего имени. Более десяти лет Хрисанф Мефодиевич являлся действительным членом Тобольского губернского музея. Состоял в обществе вспомоществования бедным студентам Тобольской губернии, которое материально поддерживало его в его собственные студенческие годы.
В 1916 г. уволился из Публичной библиотеки по состоянию здоровья.
30 сентября 1918 г. Х.М. Лопарев скончался в революционном Петрограде от голода.