Родился в семье священника Е.Ф. Пескова, который дал ему фамилию в память о земляке протоиерее Ф. А. Голубинском.В 1843—1848 годы обучался в Солигаличском духовном училище. В 1854 году окончил Костромскую духовную семинарию и как лучший ученик был зачислен в Московскую духовную академию на казённый кошт. В 1858 году окончил Московскую духовную академию, с 1861 года преподавал в ней историю Русской Церкви. С 1881 года профессор МДА; в 1895 году вышел в отставку. В 1906—1907 годы был членом Предсоборного присутствия.В своём подходе к историческому материалу киевского (домонгольского) периода применил критический историко-сравнительный метод, ранее не использовавшийся применительно к данной теме, сопоставляя имеющиеся свидетельства с византийской церковно-канонической практикой. Прославился своим смелым обращением с легендарными фигурами истории и русской святости.