Анисимов Е.В. родился в 1947 году в г. Александров Владимирской области. В 1970 году окончил исторический факультет Ленинградского государственного педагогического института им. А. И. Герцена. В 1975 году защитил кандидатскую диссертацию «Внутренняя политика Верховного Тайного Совета (1726-1730 гг.)». В 1985 году защитил докторскую диссертацию «Податная реформа Петра I: введение подушной подати в России (1718-1728 гг.)». С 1970 года работает в Ленинградском отделении института истории СССР (ЛОИИ АН СССР, ныне ‒ Санкт-Петербургский институт истории РАН). Специалист по политической истории России XVII-XVIII веков. Автор первых в России научных биографий императриц Анны Иоанновны и Елизаветы Петровны.
С 1995 года ‒ профессор кафедры истории России Санкт-Петербургского государственного университета экономики и финансов. С 1996 года преподаёт в Европейском университете в Санкт-Петербурге. Читает курсы: «Политический сыск и русское общество XVIII ‒ первой половины XIX в.»; «Историография истории России. Часть вторая (XVIII ‒ начало XX в.)»; «Дискуссионные проблемы истории России. Ч. II (XVIII ‒ начало XX в.)»; «Россия и Запад проблемы модернизации в XVII ‒ начале XIX вв. Общие тенденции и национальные особенности.»
С 2012 года преподаёт в НИУ ВШЭ (СПб филиал), где по совместительству является научным руководителем департамента. С 1989 года и по настоящее время преподаёт как приглашённый профессор в различных университетах России, США, Великобритании, Германии, Италии. Является (с 2010 года) научным руководителем Института Петра Великого (Комитет по культуре СПб). Участвует в просветительской деятельности на телевидении. Автор и ведущий программ по истории «Дворцовые тайны», «Пленницы судьбы» (2000-2010 гг.) и «Кабинет истории» (2005 г.) на телеканале «Культура». Член Совета по науке и образованию при Президенте РФ (2017-2020 гг.). Член редакционного совета журнала «Quaestio Rossica» и редколлегии журнала «Звезда». Лауреат премии Митрополита Макария (Русская православная церковь, Московская мэрия, 2002 г.).