Археолог, доктор исторических наук, профессор. В истории советской и российской науки Н. Я. Мерперт занимал особое место, оказав большое влияние на развитие археологии, начиная с конца 1940-х годов и вплоть до начала до XXI века.
Ранние годы Н.Я. Мерперта прошли в Москве, и с самых юных лет в нём проснулся живой интерес к истории и древностям. Ещё будучи учеником, он начал посещать занятия археологического кружка, который в Государственном Историческом музее вели выдающиеся исследователи Б. А. Рыбаков, В. Д. Блаватский и А. П. Смирнов. Программа кружка включала не только теоретическую подготовку, и свой первый экспедиционный опыт будущий археолог получил именно здесь, отправившись в 1936 г. в экспедицию под началом Б. А. Рыбакова.
С началом Великой Отечественной войны Николай Яковлевич ушёл на фронт, в марте 1942 г. вернулся в Москву из-за проблем со здоровьем. Вскоре он поступил на исторический факультет. Во время учёбы в университете предметом интереса Н. Я. Мерперта стала классическая археология и античность. С 1949 г. он начал работать в ИИМК АН СССР / ИА РАН, в 1956–1961 был учёным секретарём Института, заведующим отделом бронзового века (1973–1988), заведующим группой зарубежной археологии (1961–1980, 1989–2006). С 2006 г. Н.Я. Мерперт – главный научный сотрудник ИА РАН.
Н.Я. Мерперт принимал участие в работе Куйбышевской и Северо-кавказской экспедиций, исследованиях на Балканском полуострове и в Египте, а также на протяжении многих лет руководил исследованиями на территории Месопотамии (в Ираке и Сирии).
Член ученого совета ИА РАН, член редакционного совета журнала «Российская археология». Заслуженный деятель науки РФ, член-корреспондент Германского археологического института. Лауреат Государственной премии РФ в области наук и техники (1999). Участник Великой Отечественной войны.
Научные интересы: археология энеолита и бронзового века Восточной Европы, Балканского полуострова, Кавказа и Ближнего Востока, степной полосы Евразии эпохи бронзы и средневековья.