Пётр Смирнов родился 11 (23) марта 1831 года в семье священника в Мышкине Ярославской губернии. Получил образование в Ярославской духовной семинарии и в Московской духовной академии, которую окончил в 1854 году и был оставлен при академии в должности бакалавра по классу церковной археологии и еврейского языка. Возведён в степень магистра 31 августа 1855 года. Был рукоположен в священника церкви Св. Равноапостольной Марии Магдалины в Императорском Вдовьем доме 29 марта 1859 года. Преподавал Закон Божий в Пресненской воскресной школе (с 7 июля 1860 по 31 августа 1861 г.) и во 2-й Московской гимназии (с 27 августа 1860 г. по 1885 г.). Служил в церкви святых Косьмы и Дамиана на Малоросейке, затем — в Петропавловской церкви на Басманной. Получил 1 апреля 1874 года сан протоиерея Русской православной церкви, со временем занял пост председателя учебного комитета при Священном синоде (30 сентября 1897 — 3 января 1905). Был утверждён 8 ноября 1884 года в дворянском достоинстве. Был назначен 26 декабря 1885 года сверхштатным членом Училищного совета при Св. Синоде (затем был товарищем председателя совета) и в 1886 году переехал из Москвы в Санкт-Петербург, где был настоятелем Исаакиевского собора (с 19 февраля 1886 по 4 октября 1897 года). С 4 октября 1897 до 8 декабря 1905 года он состоял председателем Учебного комитета при Святейшем Синоде.