Родился 18 (30) января 1840 г. во Владимирской губернии. Обучался во Владимирском духовном училище, после чего в 1859 г. окончил Владимирскую духовную семинарию. В 1863 г. со степенью кандидата богословия окончил Санкт-Петербургскую духовную академию.
14 января 1864 г. назначен преподавателем по кафедре церковно-библейской, а впоследствии – всеобщей истории во Владимирской духовной семинарии. Начиная с 1869 г. и до самой смерти он вел гражданскую историю.
С 1865 г. по октябрь 1868 г. Надеждин совместно с А.И. Сервицким был первым редактором «Владимирских Епархиальных Ведомостей».
Начав работу во Владимирской семинарии, Надеждин приступил к сбору материалов по истории этого учебного заведения. В 1865 г. его «Очерки истории духовной семинарии» начали печататься во «Владимирских Епархиальных Ведомостях». Очерк печатался четыре года, это дало автору возможность подробно изучить документы Владимирской и Суздальской духовных консисторий.
В 1875 г. «История Владимирской духовной семинарии (с 1750 года по 1840 год)» вышла отдельным изданием во Владимирской печатне А.А. Александровского. Ряд исследований Надеждина посвящен истории раскола, истории Суздальского духовного училища и Переславской духовной семинарии.
Скончался 4 (16 марта) марта 1890 г. во Владимире.