Малышев Сергей Васильевич родился в 1877 году в селе Воскресенское Ярославской области в бедной крестьянской семье. В 1888 г. окончил начальную сельскую школу, в 1890-х гг. учился в вечерней школе. Позже работал в Санкт-Петербурге в лавке, о чём впоследствии написал воспоминания «На пролетарских ступенях»; затем работал на Обуховском заводе, где стал членом кружка «Рабочее дело». Участвовал в «Обуховской обороне» в мае 1901 года. После подавления бежал в Одессу и в 1902 году вступил в РСДРП (б).
В 1903 году Малышев перешёл на нелегальное положение, начав профессиональную революционную деятельность. Во время революции 1905 года под псевдонимом Пожарный был избран председателем первого Костромского Совета рабочих депутатов. После поражения революции вёл агитацию среди рабочих Санкт-Петербурга. Был в числе организаторов Петербургского Совета Безработных (1906−1907 гг.), заместителем председателя СБ и официальным издателем его органа — журнала «Тернии труда».
15 февраля 1907 на 4-м номере еженедельник «Тернии труда» был закрыт, а редактор-издатель Малышев арестован (был одним из организаторов летом 1906 года большой стачки каталей, то есть портовых грузчиков).
В эти годы С.В. Малышев активно занимался самообразованием, писал стихи и рассказы (участник «Первого сборника пролетарских писателей»).
В конце 1913 года вернулся в Петербург из ссылки в Вологду. В феврале 1914 года назначен секретарём редакции газеты «Правда». В начале июля 1914 года в числе её сотрудников сослан в Приангарский край, где написал автобиографическую повесть «К свету», изданную в 1918 году. Летом 1916 года Малышев совершил побег, пойман и после пребывания в тюрьме в Енисейске отправлен обратно для продолжения ссылки. После Февральской революции освобождён.
Некоторое время был председателем Совета рабочих депутатов в городе Боровичи. Участник организации Октябрьской революции в Петрограде. После работал в Наркомате труда. Участник гражданской войны в Средней Азии. Затем работал организатором и председателем Ирбитского, а после Нижегородского ярмарочных комитетов. В 1922 по распоряжению Ленина руководил возобновлением Нижегородской ярмарки. В ответ на посещение Нижегородской ярмарки мэром Лиона Эдуаром Эррио Малышев был командирован во Францию в 1923 году во главе советской делегации, поездку описал в книге «Нижний — Лион: путевые заметки».
В 1920-е гг. работал председателем Всесоюзной торговой палаты, Всесоюзной книжной палаты, в Комитете заготовок СНК СССР, был членом президиума Центросоюза и коллегии наркомата торговли.
В 1930-е годы ему была назначена персональная пенсия. Последние годы был прикован к постели, но продолжал писать статьи, рассказы, воспоминания «Встречи с Лениным».
Умер в Москве 30 сентября 1938 года, некролог опубликован в подвале «Правды» 3 октября. Похоронен на Новодевичьем кладбище. Вплоть до перестройки имя Малышева было фактически вычеркнуто из истории партии.